上呼吸道是指环状软骨以上的呼吸道，具体是指鼻、咽、喉三个部位，部分口腔、扁桃体等也属于上呼吸道。上呼吸道因为跟外界的空气直接接触，属于门卫器官。如果外界空气环境里有细菌、病毒，就很容易被上呼吸道拦截下来，在上呼吸道留下痕迹。所以可以在上呼吸道采集标本，进行病原学的检测。部分口咽部正常的寄生菌可在上呼吸道采取，可能无法区分是正常的寄生菌还是病原菌，要根据具体情况分析。上呼吸道最常见的病变是外来病变引起的炎症，有时也可能是慢性病变引起的其他非感染性病变，需要内窥镜进行检测。